Bayern zwischen Habsburg und Frankreich
Die Politik Ferdinand Marias (1651-1679) sicherte Bayern zunächst für nahezu 30 Jahre den Frieden. Bayerische Ansprüche auf das Erbe des Hauses Habsburg führten jedoch 1670 zu einem Bündnis mit Frankreich. Bayern wurde fortan Wortführer einer Neutralitätspolitik im Reich, die maßgeblich den Aufbau einer Vormachtstellung Frankreichs in Europa begünstigte.

Dynastischer Ehrgeiz und die Aussicht auf militärischen Ruhm machten Max Emanuel zum Parteigänger des Kaisers. Die Rangerhöhung, die er sich als Schwiegersohn des Kaisers für seine Siege in den Türkenkriegen erwartete - welche dieser ihm aber verweigerte -, erhoffte er sich später von einer Teilnahme am Spanischen Erbfolgekrieg an der Seite Ludwigs XIV. von Frankreich. Für Bayern endete diese Politik in einer Katastrophe. Nach der vernichtenden Niederlage der bayerischen und französischen Heere bei Höchstädt (1704) wurde Bayern von österreichischen Truppen besetzt. Aufstandsversuche bayerischer Bauern scheiterten. Bei Sendling (1705) und Aidenbach (1706) wurden ihre Aufgebote vernichtend geschlagen. Erst nachdem sich Frankreich mit den siegreichen Seemächten England und Holland verständigt hatte, konnte es auch die Wiederherstellung Bayerns im Interesse des Gleichgewichts im Reich durchsetzen. Um dem Haus Wittelsbach erneut als dritte Macht im Reich Geltung zu verschaffen, schlossen die bayerische und die pfälzische Linie einen Erbvertrag, die sogenannte Wittelsbacher Hausunion (1724).

Der Österreichische Erbfolgekrieg eröffnete Kurfürst Karl Albrecht die Chance, als zweiter Wittelsbacher die Kaiserkrone zu erwerben. Mit preußischer und französischer Unterstützung wurde er als Karl VII. zum Kaiser gekrönt. Beim Friedensschluß mußte jedoch sein Nachfolger, Max III. Joseph (1745-1777), darauf verzichten, künftig Habsburg die Führungsrolle im Reich streitig zu machen. Ein zweites Mal war der Versuch gescheitert, an der Seite Frankreichs zur Großmacht aufzusteigen.

Aufgeklärter Absolutismus
Die allein aus der Praxis erwachsene Synthese von Absolutismus und aufgeklärtem Gedankengut, der sogenannte "aufgeklärte" Absolutismus, entsprach in Bayern nur in wenigen Bereichen den von Joseph II. von Österreich und Friedrich II. von Preußen gesetzten Maßstäben. Der Fürst blieb einem patrimonialen Staatsverständnis verhaftet, d.h., er betrachtete den Staat als seinen Privatbesitz. Eine dringend notwendige Reform der staatlichen Verwaltung unterblieb. Einen ersten Anfang zur Ausbildung des Rechtsstaates stellte Kreittmayrs Straf- und Zivilgesetzbuch dar, das wenigstens die weitverbreitete Rechtsunsicherheit beseitigte. Gegenüber der Kirche verschärfte der Staat sein Aufsichtsrecht und versuchte, sich deren Reichtum zu erschließen. Auch Wissenschaft und Jugenderziehung kamen zunehmend unter staatlichen Einfluß. Einen Neuansatz staatlicher Wissenschaftsförderung bildete die Gründung der Akademie der Wissenschaften (1759). Mit der Verordnung der allgemeinen Schulpflicht (1771) wurden für das Schulwesen neue Grundlagen geschaffen. Während der Staat so zunehmend den kulturellen Bereich für sich beanspruchte, erlebten die bayerischen Prälatenklöster gegen Ende des Jahrhunderts dennoch eine letzte wissenschaftliche Blüte.

Beim Aussterben der altbayerischen Linie des Hauses Wittelsbach erkannte Kaiser Joseph II. den Erbanspruch der pfälzischen Linie nicht an und versuchte, Bayern als erledigtes Reichslehen einzuziehen. Im darüber ausbrechenden Bayerischen Erbfolgekrieg (1779) setzte Friedrich II. von Preußen den Erhalt Bayerns durch. Gegen Abtretung des Innviertels anerkannte Joseph II. die pfälzische Erbfolge. Die Abneigung Karl Theodors (1777-1799), sein bayerisches Erbe anzutreten, verzögerte dringend notwendige Reformen und konservierte den vorläufigen staatlichen Zustand Pfalzbayerns. Sein Versuch, in der Auseinandersetzung mit dem revolutionären Frankreich neutral zu bleiben, führte zur Besetzung der Pfalz durch Frankreich und in die außenpolitische Isolierung. Nach dem Tod des kinderlosen Kurfürsten fiel Bayern an den aus seinen Stammlanden vertriebenen Herzog der pfälzischen Linie Zweibrücken-Birkenfeld, Maximilian Joseph (1799).