Ende der Landesteilungen
Herzog Albrecht IV. (1460-1508) trat 1500 dem Schwäbischen Bund bei, der sich daraufhin 1504/05 auf dessen Seite am Landshuter Erbfolgekrieg beteiligte. Am Ende dieses Krieges war Albrecht im alleinigen Besitz des Herzogtums Bayern, das nun wieder den größten Teil des alten wittelsbachischen Kernlandes umfaßte.

Freilich mußte er auch Gebiete abtreten. Außerdem wurde für die Kinder des Pfalzgrafen Rupprecht ein neues Fürstentum gebildet, das mehrere Ämter an der Donau und auf dem Nordgau umfaßte, die sogenannte Jung-Pfalz, später als Pfalz-Neuburg bezeichnet. Entscheidend für den zukünftigen ungeteilten Bestand des Herzogtums Bayern war die von Albrecht IV. 1506 erlassene, von den Landständen beschworene Primogeniturordnung, die die Unteilbarkeit des Herzogtums und seine Vererbung an den jeweiligen Erstgeborenen in der männlichen Linie festlegte. Doch bereits nach dem Tod Albrechts 1508 kam es zu einer gemeinschaftlichen Regierung der Brüder Wilhelm IV. (1508-1550) und Ludwig. Die Landstände erteilten dieser Übereinkunft ihre Zustimmung, woraufhin die Herzöge ihnen ihre Freiheiten im Umfang der Landesfreiheit von 1508 bestätigten.


Bayern und das Reich
Ein wichtiger Ordnungsfaktor im Deutschen Reich wurden die unter Kaiser Maximilian I. 1500 geschaffenen Reichskreise. In ihnen wurden die Reichsstände vereinigt, aus denen jeweils ein Beisitzer für das Reichsregiment entsandt werden sollte; ab 1507 wählten sie die Beisitzer zum Reichskammergericht. Die Ausführung der Urteile dieses Gerichtes wurde ihnen unter der Führung eines Kreishauptmanns aufgetragen. Die Reichsritterschaft gründete eigene, mit den Reichskreisen nicht deckungsgleiche Ritterkreise. Im bayerischen Reichskreis waren der bayerische Herzog und der Erzbischof von Salzburg die kreisausschreibenden Stände. Sie führten auf den Kreistagen abwechselnd das Direktorium. Seit 1555 war der Herzog auch Obrist, das heißt Befehlshaber der Kreistruppen des nur 20 ständische Mitglieder umfassenden Kreises im Kriegsfall.

In Franken waren die zollernschen Markgrafen von Ansbach und Kulmbach, der Bischof von Würzburg und die Reichsstadt Nürnberg, die das größte reichsstädtische Territorium in Deutschland besaß, die führenden Mächte. Daneben waren die Hochstifte Bamberg und Eichstätt, die Reichsstädte, die Reichsdörfer sowie die in Franken ansässigen Grafen und Herren Stände des Reichskreises, der 1559 die Münzaufsicht bekam und 1572 - als einziger Reichskreis - eine eigene Polizeiordnung erließ. Direktorium und Ausschreibeamt lagen beim Bischof von Bamberg, die zollernschen Markgrafen versahen das Amt des Obristen. Der schwäbische Reichskreis war durch die Vielzahl von Kleinstherrschaften blockiert. Ihm gehörten 68 weltliche, 40 geistliche Territorien und 31 Reichsstädte an. Der Fürstbischof von Konstanz und der Herzog von Württemberg waren kreisausschreibende Stände, letzterer auch Kreisobrist und Kreisdirektor. In seinen Anfängen stand der schwäbische Reichskreis in Konkurrenz zum Schwäbischen Bund und zur österreichischen Landvogtei. Während im Herzogtum Bayern ein weitgehend einheitliches Rechts-, Verwaltungs- und Wirtschaftssystem bestand, herrschte in den übrigen geistlichen und weltlichen Territorien Altbayerns, Frankens und Schwabens eine Vielzahl von Rechts- und Verwaltungsstrukturen.

Bauernkrieg
Eine Stärkung der Position der Landesherren und eine Schwächung genossenschaftlicher Rechts- und Verwaltungsstrukturen im ländlichen Bereich waren das Ergebnis des Bauernkrieges 1524/25, der im Herzogtum Bayern zwar nicht zum Ausbruch kam, jedoch alle umliegenden Gebiete erfaßte. Die Bauern hatten nicht nur revolutionäre Forderungen erhoben, sondern sich vor allem - wie z.B. in den "Zwölf Artikeln der Bauernschaft in Schwaben" - gegen die Enteignung ihrer Allmende (also des gemeinsamen Eigentums der ansässigen Bauern) durch die Landes- und Grundherren und den Verlust ihrer althergebrachten Rechte (Jagd- und Fischrecht usw.) gewandt. Die drei fränkischen Bauern-"Haufen" wurden 1525 nach anfänglichen Erfolgen ebenso durch das Heer des Schwäbischen Bundes geschlagen wie die Aufständischen in den Bistümern Bamberg und Eichstätt und im Ries sowie die drei schwäbischen Haufen. Sie wurden entwaffnet, ihre Anführer (oft verarmte Ritter) hingerichtet und allen beteiligten Gemeinden und Städten sehr hohe Geldbußen auferlegt. Zahlreiche Bauern mußten Leibesstrafen oder lange Gefangenschaft erdulden. Die Landesherren konnten auf diese Weise die Städte, die sich den Aufständischen angeschlossen hatten, entmachten, deren Privilegien aufheben und der bäuerlichen Eigenständigkeit fast völlig ein Ende bereiten. Jegliches künftige Aufbegehren war durch den Druck der genannten Maßnahmen ausgeschlossen.