Hochadel und Ministerialität
Bayern war somit in eine enge Verbindung mit dem Königtum getreten und sollte in der Folgezeit in einem bisher ungekannten Ausmaß im Dienst des Reiches stehen. Die reichspolitische Einbindung Bayerns ging jedoch zu Lasten des Herzogsamtes. Bayern wurde im 11. Jahrhundert entweder von den Herrschern selbst geführt oder jeweils nur für eine kurze Zeit an einen meist kinderlosen Amtsinhaber gegeben. Die Einsetzung von landfremden und in Bayern besitzlosen Herzögen schwächte das Herzogsamt. Nutznießer dieser Entwicklung waren die mächtigen Adelsfamilien, die eine zunehmende Unabhängigkeit erreichten und wie das Königtum und der Herzog versuchten, mehr oder weniger geschlossene Gebietsherrschaften zu errichten. Es entwickelten sich Hochadelsherrschaften der Grafen von Andechs, von Bogen, der Diepoldinger, Sulzbacher und der später das Schicksal Bayerns bestimmenden Wittelsbacher.

Hatten die Adelsfamilien in der karolingischen und ottonischen Zeit über weiten Streubesitz verfügt, so ist ab dem 11. Jahrhundert eine zunehmende Konzentration auf relativ klar abgegrenzte Räume feststellbar, was zu einer Intensivierung der Herrschaftsrechte in diesen Räumen führte und grundlegend für die künftigen Territorialbildungen war. Die Konzentration der Grundherrschaften, also des Besitzes von Land und Leuten, und der Gerichtsbarkeit war durch die Durchsetzung der Erbfolge in Ämtern und von Lehen, vor allem von Reichslehen, möglich geworden. Über die Vogteien, d.h. der weltlichen Verwaltung von Kirchenbesitz, errangen diese Adelsfamilien auch den Zugriff auf kirchlichen Besitz. Besonders gefördert wurde diese Ausbildung geschlossener Adelsherrschaften im Osten des Herzogtums und im Alpenvorland auch durch Rodung und intensiven Landausbau.

Die Grafen von Bogen dehnten zum Beispiel ihren Besitz durch Rodungen weit in den Bayerischen Wald aus. Als Domvögte von Regensburg und auf der Grundlage von Bamberger und Passauer Vogteien errichteten sie im Nordosten des Herzogtums ein geschlossenes, für andere Herrschaftsträger undurchdringliches Territorium. Sie besaßen eine eigene Verwaltung, in deren Dienst viele Unfreie als Ministeriale zu einer adelsgleichen Stellung aufsteigen konnten.

Kaiser Heinrich II. starb 1024 kinderlos. Er wurde in Bamberg, dessen Bistum er gegründet hatte, begraben. Die Funktion Bayerns im Reich bestand aber unter seinen Nachfolgern, den fränkischen Saliern, weiter. Das bayerische Herzogsamt blieb stark vom König abhängig.