Die umfassenden Reformen des Jahres 1808 bildeten die Grundlagen für die dreigliedrige Behördenorganisation. Jedes Ressort war von oben nach unten auf drei Ebenen hierarchisch strukturiert.

Auf der obersten Ebene war die Ministerialorganisation mit den fünf "klassischen" Ministerien abgeschlossen. Die Ministerien wurden in Sektionen mit abgegrenzten Zuständigkeiten eingeteilt,und wurden so zu zentralen leitenden Behörden. Kritisiert und nach 1817 modifiziert wurde die starke Konzentration der Verwaltungsaufgaben auf dieser Ebene.

Auf der mittleren Ebene erfolgte 1808 die völlig neue Kreiseinteilung mit den Generalkommissariaten (nach 1817 Kreisregierungen), Finanzdirektionen und Appellationsgerichten als neue Mittelbehörden. Bei letzteren waren sechs der nur neun Gerichte für zwei Kreise zuständig.

Auf der unteren Ebene waren bereits im Jahr 1802 249 Landgerichtssprengel neu abgesteckt worden, die sich mit den als untere Finanzbehörden geschaffenen Rentämtern (seit 1919 Finanzämter) deckten. Bei der Reform der Unterbehörden musste Montgelas die meisten Kompromisse eigehen. So konnte die auf der oberen und mittleren Ebene gelungene Trennung von Justiz und Verwaltung nicht auf die Landgerichte ausgedehnt werden; dies gelang erst 1862 durch die Errichtung der Bezirksämter (seit 1939 Landratsämter). Als eines der wenigen Relikte aus der Zeit vor 1799 blieb auch die Patrimonial- oder gutsherrliche Gerichtsbarkeit bis zur Revolution von 1848 bestehen. Ebenso kam die Bildung der Gemeinden, die nach den Landgerichten als unterste Verwaltungsstellen wirken, sollten, nicht recht in Gang; erst das Gemeindeedikt von 1818 ebnete der kommunalen Selbstverwaltung den Weg.