Am 2. Mai 2003, wenige Tage nach dem Jahrestag der Befreiung des Konzentrationslagers Dachau am 29. April 1945, wurde die neue Dauerausstellung durch den bayerischen Ministerpräsidenten Dr. Edmund Stoiber eröffnet.
Mit der Einrichtung der Teilausstellung im „Bunker“, dem Arrestbau des ehemaligen Konzentrationslagers, einer neuen Teilausstellung im ehemaligen Krematorium, der Erschließung des Geländes durch Informationstafeln und der Fertigstellung der neuen historischen Hauptausstellung in 13 Abteilungen mit über 1300 Fotografien und Dokumenten ist die Neugestaltung der Gedenkstätte abgeschlossen. Die Ausstellung ist deutsch und englisch betextet. Eine Audioführung vermittelt die Ausstellungstexte, Zusatzinformationen sowie eine Führung über das Gelände in weiteren Sprachen. Lesemappen vertiefen einzelne Themenbereiche, Video-, PC- und Hörstationen bieten weitere Informationen.

Berichte der Häftlinge erhalten in der Ausstellung einen besonderen Platz. Das Haus der Bayerischen Geschichte hat im Rahmen seines Zeitzeugenprojekts Video-Interviews mit über 50 ehemaligen Häftlingen im In- und Ausland aufgezeichnet. Aus diesen Aufnahmen hat die Landesbildstelle in Zusammenarbeit mit der Akademie für Lehrerfortbildung in Dillingen unter dem Titel „Das KZ Dachau – Zeitzeugen berichten“ eine Video-Reihe erstellt, die auch beim Haus der Bayerischen Geschichte erhältlich ist.

1995, 30 Jahre nach der Errichtung der Gedenkstätte und der ersten Ausstellung, hatte das Bayerische Staatsministerium für Unterricht und Kultus, Wissenschaft und Kunst einen wissenschaftlichen Fachbeirat unter der Leitung von Prof. Dr. Wolfgang Benz (Berlin) beauftragt, Empfehlungen für die Neugestaltung zu erarbeiten. Die Umsetzung dieser Empfehlungen und die Planung und Einrichtung der neuen Ausstellung wurde vom Haus der Bayerischen Geschichte in Abstimmung mit dem Beirat und dem Comité International de Dachau sowie unter Einbeziehung der KZ-Gedenkstätte durchgeführt. Für die Baumaßnahmen war das Staatliche Hochbauamt Freising verantwortlich. Das Gesamtprojekt wurde von der Landeszentrale für Politische Bildungsarbeit verantwortet.

Aus Landes- und Bundesmitteln wurden für das Ausstellungsprojekt 2,2 Mio Euro, für die Baumaßnahmen insgesamt 4,86 Mio Euro bereitgestellt.
Der Entwurf der Gestaltung der Hauptausstellung stammt von dem Architektenbüro Kleineberg & Partner (Braunschweig) sowie dem Grafikbüro Hinz & Kunst (Braunschweig). Die im Jahr 2000 eröffnete Teilausstellung im ehemaligen Bunker wurde von Johannes Segieth gestaltet.